一、不同采样方法测试细毛羊净毛率可信度的比较(论文文献综述)
付雪峰[1](2021)在《基于转录组和蛋白组学数据筛选西藏绒山羊绒纤维直径性状相关调控因子》文中指出西藏绒山羊是我国着名的绒用山羊品种,其羊绒纤维直径在国内绒山羊品种中较细,属于具有较高经济价值的天然动物纤维,但近几年随着国内畜牧业饲养方式的转变和羊肉价格的冲击基层育种工作出现了懈怠现象,致使羊绒纤维直径有变粗的趋势,严重影响了羊绒品质,给农牧民造成了一定的经济损失。但是目前对西藏绒山羊羊绒纤维直径性状相关研究较少,其调控机制尚不清楚。因此,开展西藏绒山羊羊绒纤维直径性状的研究就显得尤为重要。那么从遗传学的角度究竟是哪些因子对西藏绒山羊羊绒纤维直径性状的形成发挥重要调控作用呢?鉴于此,本研究以不同羊绒纤维直径的西藏绒山羊为实验材料,运用RNA-seq、Label-free、分子生物学和生物信息学等方法开展羊绒纤维直径性状的研究,筛选调控羊绒纤维直径性状的关键调控因子,为阐明西藏绒山羊羊绒纤维直径性状的分子调控机制和细绒型新品系的培育及分子标记辅助选择提供重要的实验依据。1.基于DE lncRNA和DE mRNA筛选羊绒纤维直径性状相关转录因子利用转录组测序技术对4只细绒组(F)和4只粗绒组(C)西藏绒山羊肩胛部皮肤组织进行分析,共检测到470个lncRNAs和29119个mRNAs。筛选到80个DE lncRNAs和384个DE mRNAs。对DE lncRNAs预测靶基因进行GO、KEGG及lncRNA-靶基因互作网络分析,发现lncRNA ENSCHIT00000009853和MSTRG.16794.17的8个预测靶基因与羊绒纤维直径相关。对DEGs进行GO和KEGG分析,发现FOSB、CXCL10、COL4A3BP、CXCL9、FOS、KRT85、KRT33A、CXCL11、NOTCH2、NOTCH3等参与皮肤和毛囊的分化和发育过程。对DEGs构建互作网络发现PMSD3、PMSD11、PMSD14、SRC处于核心节点。随机挑选6个DE lncRNAs和6个DE mRNAs进行q RT-PCR验证,结果与RNA-seq数据趋势一致,说明lncRNA和mRNA测序结果可信。2.基于DE miRNA筛选羊绒纤维直径性状相关转录因子利用转录组技术对4只F组和4只C组西藏绒山羊皮肤组织进行miRNA测序分析,共检测到545个miRNAs,其中包括426个已知miRNA和119个未知miRNA。对筛选到的12个DE miRNAs预测靶基因进行GO分析,发现靶基因显着富集到多细胞生物发育、动物器官发育、轴突发育等生物学过程(p<0.05)。KEGG分析显示靶基因显着富集到B细胞受体信号通路、NOTCH信号通路、T细胞受体信号通路等毛囊发育相关信号通路(p<0.05)。通过构建DE miRNA预测靶基因-KEGG网络发现,8个DE miRNAs的11个预测靶基因注释到NOTCH、MAPK、PI3K-Akt、WNT、TGF-β等5个与皮肤形成、毛囊发育相关的信号通路上。随机挑选5个miRNAs进行q RT-PCR验证,结果与RNA-seq数据趋势一致,说明miRNA测序结果可信。3.基于Label-free蛋白组学技术筛选羊绒纤维直径性状相关蛋白利用非标记定量(Label-free)蛋白质组学技术对3只F组和3只C组西藏绒山羊皮肤组织进行分析,共检测到34327个唯一肽段和7162种蛋白。鉴定到29个DEPs中包括20个已知蛋白,9个未知蛋白,相对于C组,5个蛋白在F组表达上调,24个表达下调。对DEPs进行GO分析发现DEPs主要富集在生物过程的调节、细胞外基质的组织、细胞外结构组织、酒精代谢过程、细胞碳水化合物代谢过程等GO条目中;KEGG分析发现DEPs主要富集溶酶体、ECM-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路、粘附斑信号通路中。通过蛋白互作网络分析发现,GC、VTN、APOH和CPB2等4个蛋白处于互作网络核心节点,推测这4个蛋白对羊绒纤维直径性状发挥一定的调节作用。随机挑选3个DEPs通过蛋白质印迹技术进行蛋白表达量验证,结果VTN、GLB1和AEBP1在C组皮肤组织中表达量高于F组,与Label-free数据趋势一致,说明蛋白组测序数据可靠。4.转录组和蛋白组数据联合分析与chi-mi R-105a功能验证基于lncRNA-DEG共表达网络分析,发现lncRNA MSTRG.17532.2与NOTCH2和NOTCH3基因表达水平高度相关。基于LncRNA-DEG-miRNA互作网络分析,发现2个DE lncRNAs、4个DE miRNAs和11个DEGs被构建在网络中;其中chi-mi R-105a与预测靶基因ETV6和PIP5K1B为负调控关系;chimi R-767与lncRNA ENSCHIT00000009853存在共同靶基因SELE。基于DEGDEP互作网络分析,发现13个DEPs和49个DEGs被构建在网络中,15个DEGs与DEPs存在直接互作关系,其中CALD1、GLB1和IMPA1蛋白有较多直接互作基因,推测这3个蛋白在互作网络中发挥了重要的调节作用。通过双荧光素酶报告系统、过表达和干扰的方法,发现在绒山羊毛乳头细胞中chi-mi R-105a能够负调控预测靶基因ETV6的表达,说明chi-mi R-105a可能是转录因子ETV6基因潜在的对西藏绒山羊羊绒纤维直径性状形成发挥重要作用的调控因子。总之,本研究基于转录组和蛋白组学联合分析,筛选到14个候选基因(FOSB、CXCL10、COL4A3BP、CXCL9、FOS、KRT85、KRT33A、CXCL11、NOTCH2、NOTCH3、PMSD3、PMSD11、PMSD14、SRC)、4个重要的非编码RNAs(lncRNA ENSCHIT00000009853、MSTRG.16794.17、MSTRG.17532.2、chi-mi R-105a)和7个关键蛋白(GC、VTN、APOH、CPB2、CALD1、GLB1、IMPA1)与羊绒纤维直径性状的生物学过程密切相关。在绒山羊毛乳头细胞上验证发现chi-mi R-105a可以负调控预测靶基因ETV6的表达,推测chi-mi R-105a可作为转录因子ETV6基因潜在的调控因子。上述研究结果将为阐明西藏绒山羊羊绒纤维直径性状形成的调控机制奠定基础,也为西藏绒山羊细绒型新品系的培育及分子标记辅助选择提供重要的调控因子。
王晶[2](2019)在《中国绒毛用羊标准化规模养殖研究 ——以西部地区细毛羊为例》文中指出绒毛用羊产业是我国畜牧业的重要组成部分,也是中国西部地区农牧民从事的主要产业,该产业的持续健康发展,不仅关系到农牧民增收,也关系到边疆经济发展和社会稳定。绒毛用羊产业正处于向现代化转型的关键时期,面临着资源与环境约束趋紧、产品供需矛盾突出、养殖方式粗放、生产效率较低、标准化养殖水平不高、规模化比重偏低等诸多问题。解决上述问题的关键在于养殖模式的转变,以标准化为核心、以规模化为特征,逐步形成绒毛用羊产业标准化规模养殖发展的新格局。因此,有必要对绒毛用羊标准化规模养殖的经济效益、影响因素、运行模式及相关扶持政策进行深入系统的研究,通过养殖模式的转变提高生产效率,促进农牧户养殖经济效益增长和畜产品的长期有效供给。本文首先对我国绒毛用羊养殖的标准化程度和规模化程度进行定性评价和分析;其次,对标准化规模养殖(分规模)和散养模式下农牧户的成本收益、单要素生产率、技术效率和配置效率进行测算和比较分析;然后,用模糊数学法和似乎无关方程组模型对畜禽良种化、养殖设施化、生产规范化、防疫制度化、粪污无害化5个环节标准化生产的影响因素进行计量分析,用多元线性回归模型对农牧户养殖规模化的影响因素进行计量分析;再次,采用案例分析法,对标准化规模养殖模式的实施路径、典型经验和运行特征进行归纳和总结,并对绒毛用羊标准化规模养殖的相关扶持政策进行评价;最后,提出提高绒毛用羊标准化规模养殖的各项措施,为相关产业政策的制定提供经验参考和决策依据。主要研究结论是:(1)绒毛用羊各环节标准化程度存在差异,畜禽良种、养殖设施和疾病防控3个环节相对最高,生产管理次之,粪污无害化最低。绒毛用羊规模化养殖有长足发展,小规模散养仍占据绝对优势,规模化程度区域差异明显。(2)标准化规模养殖户总收益、纯收益和成本收益率均显着高于散养户,各投入产出指标及构成比例地区差异显着;标准化规模养殖户的单要素生产率显着高于散养户;标准化规模养殖户技术效率显着高于散养户,配置效率显着低于散养户,提升产出水平和压缩生产成本的空间都较大。(3)经济要素、技术要素、政策要素和个人家庭特征对绒毛用羊标准化养殖均有重要影响。养羊收入比重、固定资产比重有显着正向影响。人工授精、选址和棚圈设计、饲养管理、饲料配制、机械剪毛分级打包、病死羊无害化处理和粪便及污水处理7项养殖技术对标准化养殖有显着正向影响;8项政策对标准化养殖有显着影响,种公羊补贴、能繁母羊补贴、人工授精补贴、畜牧养殖机械购置补贴、标准化规模养殖奖励、禁牧补助和贴息贷款7项政策有正向影响,草畜平衡奖励有负向影响;受教育程度、养殖时长、劳动力人数、加入合作组织4项因素对标准化养殖有显着正向影响,年龄有显着负向影响。经济、政策、环境和个人家庭特征对我国绒毛用羊养殖规模化均有显着影响,养殖收益、受教育程度和加入合作组织有正向影响,禁牧政策、草场面积和养殖时长有负向影响。(4)“家庭草库伦”、“种羊场+农牧户”、“生产基地+农牧户”、“委托管理式养殖小区”、“规模养殖场+合作社”、“草畜联营合作社”和“公司+合作社+农牧户”7种模式运行机制各有不同,主要体现在主体构成、覆盖范围、资源供给、环境约束、协作程度和运行效果6方面。(5)农牧户对相关扶持政策的认知度、需求度、获取程度、满意度等各有差异,扶持政策较少且缺乏系统性,部分政策存在范围小、标准低、效果不显着等问题。
王纪元[3](2018)在《我国细毛羊不同养殖主体质量控制技术采用行为及协作模式研究》文中指出受制于国产羊毛质量,我国虽然成为羊毛大国,却难以跻身于羊毛强国的行列。我国羊毛产量位居世界首位,但国产羊毛中细羊毛的比重逐年下降,羊毛进口量却保持波动增长态势,对外毛的依存度居高不下。一方面,国产羊毛细度不足,难以满足毛纺加工企业需求,另一方面,国产细羊毛净毛率偏低,即便国产羊毛价格低于进口羊毛,特别是低于澳大利亚羊毛2-3倍,却仍然不是毛纺加工企业的首选原料。提高羊毛质量成为我国羊毛产业发展中亟待解决的问题,细毛羊养殖主体对质量控制技术的采用是提高羊毛质量的关键,当前国产细羊毛质量不佳的现状说明细毛羊养殖主体对质量控制技术的采用亟待提升和完善,因此有必要对我国细毛羊养殖主体的质量控制技术采用行为及影响因素进行全面深入的研究。本文首先对我国细羊毛质量现状及主要质量控制技术进行梳理和总结;其次,利用统计分析和案例分析的方法,依次对我国细毛羊养殖户、规模养殖场、种羊场和专业合作社的质量控制技术采用行为进行分析,并利用二元选择模型和案例分析法对其行为的影响因素进行深入研究;然后,在对养殖主体之间基于羊毛质量控制的协作模式进行总结的基础上,运用博弈模型分析不同协作模式对养殖主体质量控制技术采用行为的影响,并用多元选择模型进一步分析影响养殖户选择协作模式的因素;最后,在对国外羊毛质量控制措施进行梳理和总结的基础上,提出提高我国细羊毛质量、促进我国细羊毛产业进一步发展的对策建议。本研究构建了较为完整的分析框架,在研究视角和研究内容方面均有所创新,不仅能够有效梳理国产羊毛生产环节中各主体质量控制行为特点,而且能够为羊毛产业发展政策的制定提供现实参考和决策依据。本文得到的主要研究结论是:(1)我国细羊毛细度变粗、长度变短,质量呈现下降;我国细羊毛质量水平较世界先进水平仍有较大差距;羊毛质量控制技术从控制羊毛生长条件和羊毛后期管理两大方面作用于羊毛质量。(2)细毛羊种羊场质量控制技术采用较为全面,养殖户、规模养殖场和专业合作社均有较大提升空间;养殖主体对于羊毛生长阶段质量控制技术采用比例均显着高于羊毛后期管理阶段;不同主体在技术采用时的首要考虑因素和遇到的主要困难各不相同。(3)羊毛产量、接受培训次数、羊毛销售渠道、参与组织模式等因素对养殖户技术采用行为具有显着影响;直接与毛纺企业进行交易、提高羊毛单产水平、适度养殖规模、优化职工结构、加大补贴力度和协作程度都有助于规模养殖场技术采用;种羊场技术采用行为主要受到所有制形式、管理制度、羊毛销售渠道、协作程度、自然环境等因素影响;专业合作社的技术采用行为主要受到社长能力、社员类型与结构、社员数量与养殖规模、羊毛销售渠道、内部管理制度、外部扶持力度以及自然环境等因素影响。(4)我国细毛羊养殖主体中常见的质量控制协作模式有贩子收购条件下的“合作社+养殖户”和“种羊场/规模养殖场+养殖户”模式,以及工牧直交条件下的“合作社+养殖户”与“种羊场/规模养殖场+养殖户”模式四种,仅有最后一种协作模式对参与主体质量控制技术采用有稳定促进作用。(5)养殖规模、担任村干部、信息可获得性、市场化程度对养殖户选择“合作社+养殖户”协作模式具有正向影响,年龄和风险偏好有负向影响;受教育水平、养殖规模、信息可获得性、组织化程度对养殖户选择“种羊场或规模养殖场+养殖户”协作模式有正向影响,兼业化程度和养殖经验有负向影响。
程晓印[4](2017)在《Wnt10b基因在乾华肉用美利奴羊毛囊发育周期中表达规律的研究》文中进行了进一步梳理乾华肉用美利奴羊(暂定名)是吉林省正在培育中的以产肉为主要生产方向,并兼具生产66支以上同质细毛的绵羊新品种,其皮肤毛囊的结构直接影响了毛的产量与品质。与其他品种毛用羊相同,乾华肉用美利奴羊的毛囊也具有周期性生长的特点,即呈现出兴盛期—退行期—休止期的周期性变化。毛囊的周期性生长主要是由骨形成蛋白(BMP)、SHH信号分子、Wnt信号分子、成纤维细胞生长因子(FGFs)等信号分子调控的,其中Wnt10b在调控毛囊再生和维持毛囊周期性生长的过程中发挥着至关重要的作用[1-2]。因此,揭示毛囊发育周期中乾华肉用美利奴羊皮肤毛囊结构、变化规律以及Wnt10b在毛囊中的表达规律,对乾华肉用美利奴羊的进一步选育工作以及细毛羊毛囊周期性发育分子机制的进一步阐述具有重要意义。试验采用组织学方法,对乾华肉用美利奴羊绒毛生长的兴盛期、退行期、休止期毛囊结构及毛囊密度变化的差异进行比较研究。结果表明,不同时期的乾华肉用美利奴羊皮肤毛囊结构与密度存在一定的差异,兴盛期初级毛囊与次级毛囊直径较大,呈梨形或漏斗形,毛母质细胞致密呈颗粒状,退行期毛乳头逐渐变小萎缩,细胞疏散,休止期毛囊毛球收缩,直径变小,细胞数量减少,内外根鞘变薄。各时期初级毛囊密度差异不显着,次级毛囊密度兴盛期最大,其次为退行期,休止期次级毛囊密度最小,且差异显着(p<0.05);绒毛生长兴盛期S/P值最大,与退行期、休止期差异显着(p<0.05)。试验采用荧光定量PCR方法、免疫印迹技术对乾华肉用美利奴羊不同时期皮肤中Wnt10b的基因与蛋白表达进行了测定。结果表明,Wnt10b在兴盛期(9月份)、退行期(1月份)、休止期(3月份)均有表达,并表现出一定的规律性,在兴盛期表达量最高,退行期表达量逐渐减少,进入休止期后表达量降至最低,Wnt10b基因与蛋白测定结果一致。通过免疫组化技术证明Wnt10b在兴盛期强表达于毛母质细胞,退行期与休止期几乎不表达,说明Wnt10b与毛母质细胞的增殖以及毛囊周期性生长密切相关。上述结果表明,在毛囊发育周期内,乾华肉用美利奴羊毛囊结构与毛囊密度不同,Wnt10b也表现出周期性表达的规律,兴盛期表达量最高,退行期与休止期表达量降低,说明Wnt10b对乾华肉用美利奴羊毛囊的周期性生长具有重要的调节作用。
刘书东[5](2017)在《中国美利奴羊(新疆型)毛品质性状全基因组关联分析》文中进行了进一步梳理细羊毛产量和质量决定了羊毛的经济价值,关系到羊毛产业的生产效益。发现和鉴定影响细羊毛产量和品质性状的基因或标记,是利用标记辅助选择策略开展细毛羊遗传育种的前提。本研究以中国美利奴羊(新疆型)为主要研究对象,围绕羊毛纤维直径和自然长度、伸直长度、伸直率等毛品质性状和产毛量,利用全集因组SNPs数据信息,结合连锁不平衡(Linkage Disequilibrium,LD)和全基因组关联分析(Genome-Wide Association Studies,GWAS)的方法,筛选和鉴定影响细毛羊上述主要毛品质性状的基因、标记和染色体的区域,为细毛羊分子育种奠定基础。1、中国美利奴羊(新疆型)是以生产优质细毛着称的品种,而对于该品种的LD研究尚未见深入报道。本研究利用635只中国美利奴羊(新疆型)的Illumina OvineSNP50 BeadChip分型数据,用Plink进行质量控制,标准设定为SNP检出率大于0.95,样本检测率大于0.95,最小等位基因频率大于0.05,哈代温伯格平衡检验显着性水平大于0.000001,去除性染色体,质控后,对26条常染色体上的46062个SNPs位点的分布和特征进行统计分析,根据连锁不平衡平方相关系数(r2)分别对常染色体组和每条常染色体进行计算,证实在中国美利奴羊(新疆型)0-10kb物理距离范围内属于中度连锁(r2≥0.25),并对每一条染色体上的连锁不平衡进行计算,其中r2最大的前四条染色体分别是OAR25和OAR24、OAR18、OAR10,在这些区域共注释与毛囊发育相关的基因47个;在LD分析的基础上,对中国美利奴羊(新疆型)七个世代(2000世代、1000世代、500世代、100世代、50世代、10世代、5世代)的有效群体大小(Effective population size,Ne)进行了估计,研究发现,中国美利奴羊有效群体大小随着世代的增加而减少,在50世代下降速度最快,这与该品种在上世纪七十年代大规模选育的历史相吻合;同时,中国美利奴羊(新疆型)在第十个世代,有效群体含量呈下降趋势,近期(五个世代)有效群体大小范围介于140.36到183.33只,从而证明了中国美利奴羊(新疆型)在近15年内有效群体在逐渐减少,须加大对这一品种遗传多样性的保护,这为中国美利奴羊(新疆型)群体的科学保护提供了理论依据。2、采用Illumina OvineSNP50 BeadChip基因芯片技术,首先,对中国美利奴羊(新疆型)和德国美利奴羊728只个体进行了SNP分型分析,完成了其中728只个体的羊毛纤维直径、364只个体的羊毛自然长度、伸直率、伸直长度以及产毛量性状的测量和整理;其次,对表型性状进行正态分布检验,发现伸直长度和产毛量符合正态分布,自然长度和纤维直径、伸直率不符合正态分布,对不符合正态分布的表型进行BoxCox分析,使其符合正态分布;再次,对研究群体进行主成份分析(Principal Component Analysis,PCA)发现在选择的资源群体中有分层现象,这可能给分析结果带来假阳性,为了得到准确的结果,对校正后的自然长度和质控后的SNPs分别构建广义线性模型(Generalized linear model,GLM)和混合线性模型(Mixed liner model,MLM),通过分位数-分位数(Quantile-Quantile,Q-Q)图,发现混合线性模型的观测值和期望值的基线吻合性优于广义线性模型,从而说明了混合线性模型更适合本研究的资源群体;然后,通过混合线性模型进行分析,得到35个显着的SNPs(P值<0.05/47025=10-5.97),在SNPs附近共检测到41个基因,潜在相关的SNPs共38个(取最显着关联的SNPs标记的-log10(P值)下降3为潜在相关的SNPs标记);最后,选择s33115.1位点分别在中国美利奴羊(新疆型)和德国美利奴羊进行群体验证:在两个群体中,AA基因型对应的伸直长度与AB和BB两种基因型对应的伸直长度差异显着,AB和BB基因型对应的伸直长度之间差异不显着,两个群体中,基因型频率都以BB型为主,AA型频率最低,证明了该分析和全基因组关联分析的结果一致。本论文基于Illumina OvineSNP50 BeadChip基因芯片,建立了中国美利奴羊(新疆型)连锁不平衡和全基因组关联分析的技术平台,获得了中国美利奴羊(新疆型)SNPs图谱和其分布特征,在此基础上,筛选和挖掘与细毛羊羊毛品质性状相关的候选基因或标记,这为进一步研究和挖掘中国美利奴羊(新疆型)毛品质性状相关的候选基因或标记的分子调控机制奠定了基础。
孙军龙[6](2011)在《月龄对肉用羔羊生产性能及肌肉H-FABP基因表达量影响研究》文中认为选取在相同饲养条件下的4、6、8和12月龄陶赛特和小尾寒羊杂交二代羊横交固定后公母羔羊各30只,分别测量其体重和体尺,并进行生长曲线拟合。测定其4、6、8和12月龄宰前活重、胴体重、屠宰率和背膘厚。取四个月龄阶段绵羊的背最长肌、股二头肌和心脏组织样,应用常规分析方法测定肉品质的常规指标,并采用荧光定量的方法测定不同组织中H-FABP基因的表达量。选取肉用成年母羊100只,成年公羊40只,分别测量其羊毛的物理特性和产毛量。试验结果如下:1.公母羔羊体重生长曲线拟合效果较好,其R2分别为0.9605和0.9676 ,其生长最快的月龄分别为5.57月龄和4.8月龄。极限体重分别为61.9kg和51kg。2.屠宰试验显示,屠宰率在4-6月龄较高,6-8月龄间屠宰率开始显着降低。胴体重、宰前活重和背膘厚度在4-6月龄间都有显着提高,6月龄以后提高效果不显着。3.肉品质试验显示,在股二头肌和背最长肌中,随着月龄的增加剪切力增加,其中8月龄前增加显着,8月龄后增加不显着。股二头肌和背最长肌中的PH随着月龄的增长没有差异,水分含量和失水率只有4-6月龄有差异。肌肉脂肪含量随着月龄增长不断增加,其中6-8月份增加显着。4.羊毛品质分析显示,公羊羊毛为半细毛羊,母羊羊毛为细毛羊。公羊产毛量比母羊高,且差异显着,而净毛率比母羊显着低。公羊羊毛长度、断裂强度和伸度都优于母羊,且差异极显着。通过相关性分析,公羊羊毛弯曲数与断裂强度和羊毛细度间呈中等相关,伸度与断裂强度和细度呈强相关,断裂强度与细度呈强相关;母羊羊毛弯曲数与羊毛长度和细度呈中等相关,伸度与断裂强度呈强相关,断裂强度与细度呈中等相关。5. H-FABP基因在股二头肌、背最长肌和心肌中的表达量随着月龄的增长逐渐减小。
王遵宝[7](2011)在《绵羊部分性状多基因聚合的EST-SSR标记研究》文中研究说明为了开发新型表达序列标签微卫星(EST-SSR)标记,筛选获得多态性丰富同时与性状连锁的标记位点,并以之为基础建立动物基因聚合分析预测方法,选出适于多基因聚合的最佳基因型类群,本研究收集下载绵羊特定组织表达序列标签设计开发新型EST-SSR标记,并结合关联性分析结果获得与性状连锁的EST-SSR标记位点,通过电子PCR技术将之定位于特定染色体上,同时完成原始EST的功能注释,明确标记位点可能的生物功能;分析位点间连锁关系,选择独立遗传位点,基于基因型均值聚类分析建立动物基因聚合预测方法,最终筛选出针对特定性状的最佳基因型聚合类群,具体结果如下:1.开发获得了17对多态性丰富的绵羊EST-SSR标记位点,结合毛性状与繁殖性状进行的关联性分析进一步筛选出12个对目标性状有遗传效应的位点。2.利用电子定位技术将16个多态位点定位于牛的13个染色体上,通过牛、羊染色体同源性分析最终将位点定位于绵羊染色体上,并对其中9个位点原始EST进行了功能注释,初步明确了标记可能的生物功能。3.分析计算了标记间r2与D’值,结果显示12个位点间连锁程度较低,属于独立遗传,可用于基因聚合分析。以位点的基因型均值聚类结果进行了分群比较,获得了针对毛性状、繁殖性状不同指标的7个聚合类群及其相应最佳基因型组合。本研究结果表明,基于EST开发微卫星标记效率较高,多态性丰富,而且整体上对性状具有较高的遗传效应;利用电子PCR技术可以对EST-SSR标记进行染色体初步定位及功能注释,可进一步分析验证标记功能;以位点基因型均值相似系数为基础的聚类分析可有效将位点不同基因型进行分类,参考类群性状表现获得的最佳聚合基因型类群对基因聚合育种计划的制定具有指导意义。
吴茜[8](2010)在《新吉细毛羊皮肤组织均一化全长cDNA文库的构建及其ESTs的生物信息学分析》文中提出新吉细毛羊是我国培育成功的第1个超细型细羊毛品种。其主体细度在6670支(少部分达到80支),毛长8 cm以上,是高档精纺毛织品的理想原料。针对新吉细毛羊的特点,如何保持和继续培育具有更细的细毛羊品种的一个主要方面就是克隆和鉴定一批可能与细毛羊羊毛性状表达相关的基因,然后对这些基因的功能进行研究,进而应用于新吉细毛羊的生产实践。本研究利用生物信息学与分子生物学相结合的方法,克隆和鉴定了一些新基因,取得了如下结果:1.采用CreaterTM SMARTTM cDNA Library Construction Kit和DSN酶构建了新吉细毛羊皮肤组织的均一化全长cDNA文库。文库质量鉴定的结果表明:文库库容量为1.1×106,重组率为99%,平均插入片段约为1.2kb。2.对新吉细毛羊皮肤组织均一化全长cDNA文库的插入片段进行了5’端随机测序,获得了75条可读EST序列,利用DNAstar软件的SeqMan程序对这75条EST序列进行组装,形成了4条Contigs和67个Singletons。其中10个为已知基因,剩余61个为未知基因。对61条未知新EST序列的全长cDNA标注结果表明有6条包含完整基因,6条包含完整CDS。3.对非含完整基因或CDS的49条新EST序列进行了电子延伸,其中25条得到有效延长。这25条Super contigs的全长cDNA鉴定结果表明,可能包含完整基因的SC序列共有3条,而可能包含完整CDS的SC序列共有4条。4.对经全长cDNA鉴定可能包含完整基因的9条ESTs的核酸序列进行了基本性质、电子表达谱等分析;对可能包含完整基因和完全CDS的19条ESTs进行了编码区的翻译蛋白质序列的基本性质、结构和功能分析。分析结果表明,这19条ESTs序列都或多或少含有一些重要的功能位点和功能结构域。
雒林通[9](2009)在《甘肃高山细毛羊优质毛品系微卫星标记与经济性状相关性研究》文中研究说明本研究利用微卫星标记技术,首次对甘肃高山细毛羊优质毛品系153只母羊个体进行了遗传多样性检测和研究,统计了等位基因分布、有效等位基因数、杂合度和多态信息含量,并利用SPSS13.0软件进行了微卫星标记位点与各经济性状的相关性分析。所选的15个微卫星标记有1个未检测到多态,其余14个均表现出高度多态性。多态性标记在该群体中的平均等位基因数为10个,平均有效等位基因数Ne=7.1,平均杂合度H=0.85,平均多态信息含量PIC=0.83。说明甘肃高山细毛羊优质毛品系拥有丰富的遗传多样性,选择潜力较大,可进一步加强选育。14个有多态性微卫星座位与经济性状表型数据的关联性分析表明:7个微卫星位点对甘肃高山细毛羊优质毛品系羊毛及体重性状存在显着(p<0.05)或极显着(p<0.01)影响。BMS1724与断奶毛长相关显着,BM6506与断奶毛长相关极显着;BL-4、BMS1248与周岁毛长度相关显着,BM6506与周岁毛长度相关极显着;BM6506与周岁腹毛长相关显着;BL-4、BMS1248、BMS1724与周岁污毛量相关显着,BM6506与周岁污毛量相关极显着;BL-4与周岁净毛量相关显着,BMS1724与周岁净毛量和毛纤维细度相关显着,BM6506与周岁净毛量和毛纤维细度相关极显着;URB037与周岁净毛率相关显着,MCM38与周岁净毛率相关极显着;FCB48、MCM38与周岁毛细度变异系数相关显着;BMS1248、BM6506与初生重相关显着;BMS1248、BMS1724与周岁体重相关显着。通过对有关联的7个微卫星标记进行不同基因型间经济性状的多重比较(Duncan法),找到了以下有利的基因型:在断奶毛长性状上,BM6506位点的186/186为优势基因型,BMS1724位点的156/168、160/176、164/176和164/186为优势基因型;在周岁毛长性状上,BM6506位点的186/186为优势基因型,BMS1248位点的140/160和142/160为优势基因型,BL-4位点的149/169为优势基因型;在周岁腹毛长性状上,BM6506位点的186/186为优势基因型;在周岁污毛量性状上,BMS1248位点的140/160和142/160为优势基因型,BM6506位点的192/192、192/202和194/202为优势基因型,BL-4位点的149/169为优势基因型,BMS1724位点的160/176、164/176、164/186和174/198为优势基因型;在周岁净毛量性状上,BL-4位点的149/169、155/173、155/179和161/179为优势基因型,BM6506位点的192/192、192/202和194/202为优势基因型,BMS1724位点的160/176、164/176、164/186和174/198为优势基因型;在周岁净毛率性状上,MCM38位点的129/151、131/157、135/151、145/163为优势基因型,URB037位点的178/196、196/208、196/212和196/218为优势基因型;在周岁毛纤维细度性状上,BM6506位点的190/190、190/198和198/198为优势基因型,BMS1724位点的178/204为优势基因型;在周岁毛纤维细度变异系数性状上,FCB48位点的135/155、149/159和149/169为优势基因型,MCM38位点的141/157和145/163为优势基因型;在初生重性状上,BMS1248位点的140/160和142/160为优势基因型,BM6506位点的186/186、188/188、192/192和192/202为优势基因型;在周岁体重性状上,BMS1248位点的140/160和142/160为优势基因型,BMS1724位点的160/176、164/176、164/186、174/198和178/204为优势基因型,BM6506位点的186/186、188/188、192/192和192/202为优势基因型。
吴桂芳[10](2009)在《基于红外光谱和场发射扫描电镜技术的羊绒原料品质分析的研究》文中指出我国羊绒、羊毛纤维的检测是绒毛产业最基础也是最薄弱的环节,技术水平还远不能满足绒毛产业的发展速度,同英国、日本、德国和意大利等国家相比存在较大的差距:绒毛纤维检测设备的自动化,连续化程度还不高,尤其在羊绒原料检测上,还远远落后于发达国家,大部分国产原料由于缺乏合理的检测手段,质量不能满足生产要求,成为羊绒产业的发展瓶颈。一方面基于羊绒纤维自身的优点和产量稀少、价格昂贵的特点;另一方面是关系到商家和消费者的利益,甚至关系到我国在出口贸易中的声誉,羊绒制品中山羊绒的鉴别和含量检测极为重要。国外为维护自身权益、避免产品的掺假和伪劣,采取了一系列的检测和技术标准。我国作为世界上羊绒生产和出口大国,在世界贸易中占有重要份额,有必要加强这方面的检测和监管工作,使我国具有羊绒质量评定的相应国际地位,以促进羊绒质量的提高和优质羊绒产品的发展,确保我国珍贵的羊绒资源向科学、有序、高附加值方向发展。本论文针对国内外羊绒、羊毛原料品质信息获取技术上存在的一些问题和不足,结合我国的实际情况,以山羊绒原料检测为主进行了羊绒、羊毛原料品质信息获取的研究,主要研究内容和成果如下:1.采用近红外光谱技术对羊绒的净绒率、含水率进行检测,采用逐步回归和BP神经网络建立近红外光谱和羊绒的净绒率、含水率之间的线性回归模型和非线性回归模型,并根据决定系数、预测标准误差、预测均方根误差对模型进行了评价,与传统的检测方法相比,它具有无损、快速、无污染等特点。2.采用小波分析方法对近红外光谱信号进行降噪处理,对比分析了三种阈值降噪模型的降噪效果,在一定程度上改善了光谱由于外界干扰而引起的模型偏差问题,使光谱建模更具一定的鲁棒性和抗干扰的能力。3.根据羊绒原料所含蛋白质、灰分、纤维表面油脂等成分的红外光谱特性,采用长波近红外和中红外对上述指标的反射模式进行检测,并采用神经网络、投影寻踪回归、最小二乘支持向量回归方法进行建模,结果表明神经网络模型在山羊绒的三种成分参量检测中比较稳定,对山羊绒成分的检测具有通用性。4.采用JASCO FT/IR-4100红外光谱仪,研究了羊绒原料的蛋白质含量、灰分含量、纤维表面油脂含量的长波近红外和中红外的透射光谱特性进行分析,采用长波近红外和中红外对上述指标的透射模式进行检测,并采用神经网络、投影寻踪回归、支持向量机方法进行建模,结果表明在本文所阐述的试验条件下红外透射模式的光谱在山羊绒原料的蛋白质、灰分、油脂含量的检测建模精度上普遍好于漫反射模式。5.采用近红外光谱技术对羊绒的产地进行鉴别,应用主成分分析和支持向量机方法对来自不同产地的山羊绒进行分析,采用一对多支持向量机方法对山羊绒产地进行分类,并分别采用不同的支持向量机核函数建立分析模型,结果表明具有高斯核函数的支持向量机建立山羊绒产地的鉴别模型鉴别效果比较好。6.采用SIRION场发射扫描电镜获取羊绒、羊毛纤维的显微图像,根据几何形态参数进行羊毛和羊绒鉴别分类,并进行羊绒、羊毛品种的分析鉴别,提出鳞片覆盖双边指数的概念,大大提高了鉴别分类的效果。7.对获得的羊绒、羊毛纤维的扫描电镜图像采用灰度共生矩阵方法进行纹理分析,试验提取了能量、对比度、相关性、同质性、熵等22种纹理参数,建立了基于纹理参数的山羊绒、绵羊毛的纹理鉴别模型,并进行基于纹理特征的山羊绒品种、绵羊毛品种鉴别的分析研究,结果表明:采用灰度共生矩阵的方法,使本文提出的山羊绒与绵羊毛鉴别问题得到较好的解决。8.对获得的羊绒、羊毛纤维的扫描电镜图像进行处理,根据能反映羊绒、羊毛纤维鳞片形状特征的区域算子建立了基于形态学参数的山羊绒、绵羊毛的鉴别模型,并进行基于纤维鳞片形态学参数的山羊绒品种、绵羊毛品种鉴别作了分析研究,结果表明:纤维鳞片的区域特征参数在一定程度内可以区分羊绒类各品系和羊毛类各品系。综上所述,选用净绒率、含水率,含脂率、灰分含量,蛋白质含量等指标对羊绒、羊毛进行红外光谱宏观分析检测,并基于场发射扫描电镜显微成像技术采用纤维几何形态参数、鳞片纹理参数、鳞片区域描绘算子对羊绒、羊毛进行显微微观分析,采用较新的数据处理方法建立了漫反射以及透射光谱和净绒率、含水率,含脂率、灰分含量,蛋白质含量等指标间的定量关系,应用图像形态学分析方法建立了山羊绒和绵羊毛之间在形态区分上的定性关系,为今后在羊绒、羊毛原料的品质检测、质量管理、生产交易等方面提供了先进的、客观的检测方法和理论依据。
二、不同采样方法测试细毛羊净毛率可信度的比较(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、不同采样方法测试细毛羊净毛率可信度的比较(论文提纲范文)
(1)基于转录组和蛋白组学数据筛选西藏绒山羊绒纤维直径性状相关调控因子(论文提纲范文)
摘要 |
SUMMARY |
缩略词表 |
第一章 文献综述 |
1 绒山羊品种及生产性能 |
1.1 世界绒山羊 |
1.2 国内主要绒山羊 |
1.3 西藏绒山羊 |
2 转录组学介绍 |
2.1 mRNA |
2.2 lncRNA |
2.3 miRNA |
3 绒毛性状转录组学研究进展 |
3.1 毛囊发育相关研究进展 |
3.2 次级毛囊周期循环研究进展 |
3.3 绒毛品质性状相关研究 |
4 蛋白质组学技术介绍及应用 |
4.1 蛋白质组学在羊研究中的应用 |
4.2 蛋白组学在其他领域的应用 |
5 研究的目的意义 |
6 研究内容和技术路线 |
6.1 研究内容 |
6.2 技术路线 |
第二章 基于DE lncRNA和 DE mRNA筛选羊绒纤维直径性状相关转录因子 |
1 实验材料 |
1.1 实验动物及样品 |
1.2 实验仪器设备与试剂 |
2 实验方法 |
2.1 羊绒纤维直径测定 |
2.2 总RNA提取与质检 |
2.3 mRNA和 lncRNA文库构建 |
2.4 lncRNA测序及分析 |
2.5 lncRNA和 mRNA测序结果验证 |
3 结果与分析 |
3.1 纤维直径测定及分析 |
3.2 实验羊只的选取 |
3.3 lncRNA和 mRNA测序数据质控 |
3.4 lncRNA和 mRNA的基因组特征比较 |
3.5 lncRNA和 mRNA差异表达分析 |
3.6 DE lncRNA靶基因功能分析 |
3.7 DE lncRNA及其靶基因功能网络构建 |
3.8 DEG功能分析 |
3.9 DEG互作网络构建 |
3.10 lncRNA和 mRNA q RT-PCR验证 |
4 讨论 |
4.1 lncRNA和 mRNA基因组特征比较分析 |
4.2 绒毛纤维直径相关lncRNA分析 |
4.3 纤维直径相关mRNA分析 |
4.4 DE mRNA互作分析 |
5 小结 |
第三章 基于DE miRNA筛选羊绒纤维直径性状相关转录因子 |
1 实验材料 |
1.1 实验动物及样品 |
1.2 实验仪器设备与试剂 |
2 实验方法 |
2.1 总RNA提取与质检 |
2.2 miRNA文库构建 |
2.3 miRNA文库测序 |
2.4 miRNA测序数据分析 |
2.5 miRNA q RT-PCR验证 |
3 结果与分析 |
3.1 西藏绒山羊皮肤组织小RNA测序数据统计 |
3.2 小RNA注释与鉴定 |
3.3 DE miRNA筛选 |
3.4 DE miRNA靶基因功能分析 |
3.5 DE miRNA靶基因-KEGG调控网络构建 |
3.6 miRNA q RT-PCR验证 |
4 讨论 |
4.1 DE miRNA分析 |
4.2 DE miRNA靶基因富集分析 |
4.3 DE miRNA靶基因-KEGG网络分析 |
5 小结 |
第四章 基于Label-free蛋白组学技术筛选羊绒纤维直径性状相关蛋白 |
1 实验材料 |
1.1 实验动物及样品 |
1.2 实验仪器设备与试剂 |
2 实验方法 |
2.1 蛋白质提取与检测 |
2.2 数据库检索和蛋白质鉴定及定量 |
2.3 蛋白功能分析 |
2.4 差异蛋白互作网络分析 |
2.5 蛋白组学结果验证 |
3 结果与分析 |
3.1 蛋白质浓度测定 |
3.2 蛋白质鉴定结果统计 |
3.3 DEP筛选与鉴定 |
3.4 DEP功能分析 |
3.5 DEP互作网络构建 |
3.6 蛋白测序结果验证 |
4 讨论 |
4.1 DEP功能分析 |
4.2 DEP互作分析 |
5 小结 |
第五章 转录组和蛋白组数据联合分析与mi R-105a功能验证 |
1 实验材料 |
1.1 实验样品 |
1.2 实验仪器设备与试剂 |
2 实验方法 |
2.1 LncRNA/miRNA-DEG-DEP联合分析 |
2.2 miRNA关键靶基因验证 |
2.3 miRNA对关键靶基因的作用 |
3 结果与分析 |
3.1 lncRNA-DEG联合分析 |
3.2 LncRNA-DEG-miRNA联合分析 |
3.3 DEG-DEP互作网络构建 |
3.4 mi R-105a靶基因功能验证 |
3.5 mi R-105a的过表达和抑制表达效果 |
4 讨论 |
4.1 转录组联合分析 |
4.2 DEG-DEP联合分析 |
4.3 mi R-105a靶基因验证分析 |
5 小结 |
第六章 结论 |
1 本研究的结论 |
2 本研究的创新点 |
3 值得进一步开展的工作 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
作者简介 |
导师简介 |
(2)中国绒毛用羊标准化规模养殖研究 ——以西部地区细毛羊为例(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 导论 |
1.1 研究背景与研究意义 |
1.2 国内外相关研究综述 |
1.3 研究目标与主要研究内容 |
1.4 研究方法与技术路线 |
1.5 研究的创新说明 |
第二章 相关理论基础 |
2.1 产业组织理论 |
2.2 规模经济理论 |
2.3 标准化理论 |
2.4 农户行为理论 |
第三章 中国绒毛用羊标准化规模养殖发展现状分析 |
3.1 国内外农业标准化发展历程与启示 |
3.2 与绒毛用羊产业相关的国内外标准 |
3.3 中国绒毛用羊养殖标准化程度分析 |
3.4 中国绒毛用羊养殖规模化程度分析 |
3.5 本章小结 |
第四章 中国绒毛用羊标准化规模养殖经济效益比较分析 |
4.1 标准化规模养殖(分规模)与散养模式的成本收益比较分析 |
4.2 标准化规模养殖(分规模)与散养模式的单要素生产率比较分析 |
4.3 标准化规模养殖(分规模)与散养模式的经济效率比较分析 |
4.4 本章小结 |
第五章 中国绒毛用羊标准化规模养殖影响因素分析 |
5.1 绒毛用羊标准化养殖影响因素分析 |
5.2 绒毛用羊规模化养殖影响因素分析 |
5.3 本章小结 |
第六章 中国绒毛用羊标准化规模养殖模式分析 |
6.1 标准化规模养殖模式 |
6.2 不同运行模式特点比较 |
6.3 本章小结 |
第七章 中国绒毛用羊标准化规模养殖相关扶持政策评价 |
7.1 现有绒毛用羊标准化规模养殖相关扶持政策 |
7.2 农牧户对标准化规模养殖相关扶持政策的评价 |
7.3 畜牧主管部门工作人员对标准化规模养殖相关扶持政策的评价 |
7.4 本章小结 |
第八章 研究结论与政策建议 |
8.1 研究的主要结论 |
8.2 政策建议 |
8.3 研究不足与展望 |
参考文献 |
致谢 |
附录 |
作者简介 |
(3)我国细毛羊不同养殖主体质量控制技术采用行为及协作模式研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 导论 |
1.1 研究背景与研究意义 |
1.2 国内外相关研究综述 |
1.3 研究目标与研究内容 |
1.4 研究方法、数据来源与技术路线 |
1.5 研究的创新说明 |
第二章 概念界定与理论基础 |
2.1 相关概念界定 |
2.2 理论基础 |
2.3 理论框架构建 |
第三章 我国细羊毛质量现状及主要质量控制技术 |
3.1 我国细羊毛质量现状分析 |
3.2 主要细羊毛质量控制技术 |
3.3 本章小结 |
第四章 养殖户质量控制技术采用行为及影响因素分析 |
4.1 细毛羊养殖户样本基本情况 |
4.2 细毛羊养殖户质量控制技术采用行为分析 |
4.3 细毛羊养殖户质量控制技术采用行为的影响因素分析 |
4.4 本章小结 |
第五章 规模养殖场质量控制技术采用行为及影响因素分析 |
5.1 细毛羊规模养殖场基本情况 |
5.2 细毛羊规模养殖场质量控制技术采用行为分析 |
5.3 细毛羊规模养殖场质量控制技术采用行为的影响因素分析 |
5.4 本章小结 |
第六章 种羊场质量控制技术采用行为及影响因素分析 |
6.1 细毛羊种羊场发展情况 |
6.2 细毛羊种羊场质量控制技术采用行为分析 |
6.3 细毛羊种羊场质量控制技术采用行为的影响因素分析 |
6.4 本章小结 |
第七章 专业合作社质量控制技术采用行为及影响因素分析 |
7.1 细毛羊专业合作社基本情况 |
7.2 细毛羊专业合作社质量控制技术采用行为分析 |
7.3 细毛羊专业合作社质量控制技术采用行为的影响因素分析 |
7.4 本章小结 |
第八章 细毛羊养殖主体质量控制协作模式及效果分析 |
8.1 养殖主体参与羊毛质量控制协作的必要性与内在动因 |
8.2 细毛羊养殖主体质量控制协作模式分析 |
8.3 主要协作模式对养殖主体质量控制技术采用行为的影响分析 |
8.4 养殖户协作模式选择行为的影响因素分析 |
8.5 本章小结 |
第九章 国外羊毛质量控制措施及经验总结 |
9.1 澳大利亚羊毛质量控制措施 |
9.2 新西兰羊毛质量控制措施 |
9.3 南非羊毛质量控制措施 |
9.4 国外羊毛质量控制经验总结 |
9.5 本章小结 |
第十章 结论及政策建议 |
10.1 主要结论 |
10.2 政策建议 |
10.3 有待进一步研究的问题 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
作者简介 |
(4)Wnt10b基因在乾华肉用美利奴羊毛囊发育周期中表达规律的研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
英文缩略表 |
前言 |
第一篇 文献综述 |
1 中国细毛羊产业发展概况 |
2 细毛羊毛囊结构特点与发育规律 |
3 调控毛囊形成及周期性发育的相关信号通路 |
4 Wnt10b调控动物毛囊周期发育研究进展 |
5 研究目的及意义 |
第二篇 研究内容 |
第一章 乾华肉用美利奴羊皮肤毛囊结构及周期性变化规律 |
1.1 材料 |
1.2 方法 |
1.3 结果 |
1.4 讨论 |
1.5 小结 |
第二章 荧光定量PCR检测Wnt10b mRNA的表达规律 |
2.1 材料 |
2.2 方法 |
2.3 结果 |
2.4 讨论 |
2.5 小结 |
第三章 免疫印迹检测Wnt10b蛋白的表达规律 |
3.1 材料 |
3.2 方法 |
3.3 结果 |
3.4 讨论 |
3.5 小结 |
第四章 免疫组化检测Wnt10b在皮肤中的表达与分布 |
4.1 材料 |
4.2 方法 |
4.3 结果 |
4.4 讨论 |
4.5 小结 |
结论 |
参考文献 |
作者简介 |
致谢 |
(5)中国美利奴羊(新疆型)毛品质性状全基因组关联分析(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
主要缩略词 |
引言 |
第一章 文献综述 |
1 绵羊毛品质性状的概述 |
1.1 毛品质性状的重要性 |
1.2 毛品质性状的QTL定位 |
1.3 毛品质性状的候选基因 |
2 遗传变异分析技术的研究现状 |
3 绵羊基因组学 |
4 绵羊SNP芯片 |
5 连锁不平衡 |
5.1 连锁不平衡的概念 |
5.2 连锁不平衡的度量方法 |
5.3 连锁不平衡分析的研究现状 |
5.4 有效群体大小的概念 |
5.5 绵羊有效群体大小分析的研究现状 |
6 全基因关联分析 |
6.1 GWAS的概念 |
6.2 GWAS试验设计 |
6.3 遗传参数的估计 |
6.4 GWAS常见问题及MLM分析方法 |
6.5 GWAS的研究现状 |
7 基于基因组芯片分析不同方法解析表型性状 |
8 基因组其他候选基因的选择 |
8.1 选择信号的概念 |
8.2 选择信号的检测方法 |
8.3 基因组选择分析的研究现状 |
9 研究目的和意义 |
第二章 中国美利奴羊(新疆型)连锁不平衡分析及有效群体大小估计 |
试验一 中国美利奴羊(新疆型)连锁不平衡分析 |
1 材料与方法 |
1.1 试验动物 |
1.2 主要药品与试剂 |
1.3 主要仪器设备 |
1.4 DNA提取 |
1.5 Illumina OvineSNP50 BeadChip制备 |
1.6 质量控制 |
1.7 LD计算 |
1.8 基因注释 |
2 结果与分析 |
2.1 琼脂糖凝胶电泳检测 |
2.2 SNP统计 |
2.3 绵羊基因组不同物理距离LD计算结果 |
2.4 样本大小和LD的分析比较 |
2.5 功能基因注释 |
3 讨论 |
3.1 LD的讨论 |
3.2 LD分析的重要候选基因 |
4 小结 |
试验二 中国美利奴羊(新疆型)有效群大小的估计 |
1 材料和方法 |
1.1 试验动物 |
1.2 DNA提取 |
1.3 LD计算 |
1.4 有效群体大小 |
1.5 基因组多样性 |
2 结果与分析 |
2.1 有效群体大小 |
2.2 基因组多样性 |
3 讨论 |
4 小结 |
第三章 基于全基因组关联研究技术筛选美利奴毛品质性状相关候选基因 |
试验一 全基因组关联分析中统计模型的选择 |
1 材料和方法 |
1.1 试验动物 |
1.2 自然长度的获取 |
1.3 表型数据处理 |
1.3.1 表型数据的正态性检验 |
1.3.2 表型数据转换 |
1.4 样品采集 |
1.5 主要试剂、溶液、DNA提取及质量控制 |
1.6 软件及在线资源 |
1.7 群体结构分层 |
1.8 全基因组关联分析的模型选择 |
1.9 多重假设检验校正 |
2 结果与分析 |
2.1 表型数据的描述性统计分析 |
2.2 基因组DNA的提取和检测 |
2.3 SNPs质量控制结果 |
2.4 群体结构分析 |
2.5 两种模型比较 |
3 讨论 |
3.1 数据的评价 |
3.2 群体分层与模型选择的联系 |
4 小结 |
试验二 羊毛品质性状的全基因组关联分析 |
1 材料和方法 |
1.1 试验动物 |
1.2 表型值测定 |
1.3 表型数据处理 |
1.4 样品采集 |
1.5 主要试剂、溶液、DNA提取及质量控制 |
1.6 软件及在线资源 |
1.7 群体结构分层 |
1.8 全基因关联分析的模型构建 |
2 结果与分析 |
2.1 表型数据的描述性统计分析 |
2.2 毛纤维直径性状的全基因组关联分析 |
2.3 自然长度性状的全基因组关联分析 |
2.4 伸直长度性状的全基因组关联分析 |
2.5 伸直率性状的全基因组关联分析 |
2.6 产毛量性状的全基因组关联分析 |
3 讨论 |
3.1 纤维直径性状的全基因组关联分析 |
3.2 长度性状的全基因组关联分析 |
3.3 产毛量性状的全基因组关联分析 |
3.4 伸直率性状的全基因组关联分析 |
3.5 全基因组关联分析和连锁不平衡的联系 |
3.6 全基因组关联分析和基因组选择信号的联系 |
3.7 重要候选基因讨论 |
4 小结 |
试验三 MLH1基因s33115.1 位点的验证(伸直长度) |
1 试验材料和方法 |
1.1 试验动物 |
1.2 试验试剂 |
1.3 试验仪器设备 |
1.4 DNA提取 |
1.5 引物设计 |
1.6 PCR扩增 |
1.7 数据分析 |
2 结果与分析 |
2.1 测序结果分析 |
2.2 s33115.1 不同基因型的伸直长度检验分析 |
3 讨论 |
4 小结 |
第四章 全文结论 |
1 全文结论 |
2 创新点 |
3 需要完善及工作展望 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
作者简介 |
博士研究生期间参加的科研工作 |
博士研究生期间发表文章情况 |
附件 |
(6)月龄对肉用羔羊生产性能及肌肉H-FABP基因表达量影响研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
1 引言 |
1.1 肉羊杂交改良的研究 |
1.1.1 肉羊生产现状 |
1.1.2 品种杂交改良 |
1.2 肉羊生产性能研究 |
1.2.1 生长曲线的研究 |
1.2.1.1 生长曲线的含义 |
1.2.1.2 生长曲线模型的种类及特点 |
1.2.2 肉品质 |
1.2.2.1 pH |
1.2.2.2 系水力 |
1.2.2.3 剪切力 |
1.2.2.4 肌间脂肪 |
1.2.3 羊毛品质研究 |
1.3 H-FABP基因 |
1.3.1 H-FABP基因定位与分布 |
1.3.2 H-FABP基因的结构和功能 |
1.3.3 H-FABP 基因的研究现状 |
1.4 实时荧光定量 PCR |
1.4.1 实时荧光定量PCR概念及简介 |
1.4.2 实时荧光定量PCR原理和方法 |
2 肉羊生产性能研究 |
2.1 生长曲线研究 |
2.1.1 研究目的和意义 |
2.1.2 材料与方法 |
2.1.3 结果与分析 |
2.2 肉品质及羊毛品质研究 |
2.2.1 研究目的和意义 |
2.2.2 试验材料与方法 |
2.2.2.1 试验动物及样品采集 |
2.2.2.2 屠宰试验 |
2.2.2.3 肉品质测定 |
2.2.2.4 羊毛品质的研究 |
2.2.3 试验数据分析 |
2.2.4 结果与分析 |
2.2.4.1 不同月龄羔羊屠宰性能 |
2.2.4.2 不同月龄羊肉品质比较 |
2.2.4.3 肉用绵羊羊毛品质分析 |
3 月龄对肌肉H-FABP基因表达影响研究 |
3.1 材料准备与试剂 |
3.2 主要试剂及仪器 |
3.3 RNA提取步骤 |
3.4 RNA纯化 |
3.5 RNA浓度及质量检测 |
3.6 反转录 |
3.7 PCR引物设计及PCR扩增 |
3.8 实时荧光定量PCR |
3.8.1 PCR产物回收 |
3.8.2 PCR产物连接转化 |
3.8.3 标准品制备 |
3.8.4 实时荧光定量体系及程序 |
3.9 结果与分析 |
3.9.1 样品总RNA质量 |
3.9.2 PCR扩增产物检测 |
3.9.3 克隆测序结果 |
3.9.4 荧光定量PCR效果 |
4 讨论 |
4.1 生长曲线拟合 |
4.2 月龄对肉羊屠宰性能的影响 |
4.3 月龄对肉用羔羊肉品质的影响 |
4.4 肉用绵羊群体羊毛品质 |
4.5 月龄对肉用羔羊不同肌肉中H-FABP表达的影响 |
有待进一步解决的问题 |
结论 |
参考文献 |
在读期间发表的学术论文 |
作者简介 |
致谢 |
(7)绵羊部分性状多基因聚合的EST-SSR标记研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
前言 |
第一章 文献综述 |
1 EST-SSR标记研究进展 |
1.1 EST计划 |
1.2 EST-SSR标记开发 |
1.3 EST-SSR标记特点 |
1.4 EST-SSR标记应用 |
1.5 存在问题及应对措施 |
2 染色体定位研究进展 |
3 基因聚合研究进展 |
4 本研究涉及品种简介 |
4.1 中国美利奴羊 |
4.1.1 外貌特征 |
4.1.2 品种性能 |
4.1.3 育种应用 |
4.2 德国肉用美利奴羊 |
4.2.1 外貌特征 |
4.2.2 品种性能 |
4.2.3 育种应用 |
5 本研究的目的意义 |
第二章 绵羊特定组织EST中SSR扫描及EST-SSR引物设计 |
1 材料及方法 |
1.1 EST序列来源 |
1.2 ESR-SSR的开发 |
1.3 EST-SSR引物设计 |
2 结果与分析 |
3 讨论 |
第三章 绵羊皮肤源EST-SSR标记与毛性状的关联性分析 |
1 材料与方法 |
1.1 样本采集及试验材料 |
1.1.1 主要试剂 |
1.1.2 主要仪器与设备 |
1.2 试验方法 |
1.2.1 羊毛细度及长度测定 |
1.2.2 羊毛自然长度及伸直长度的测定 |
1.2.3 绵羊全血基因组DNA提取 |
1.2.4 EST-SSR位点选择及PCR扩增 |
1.2.5 电泳检测及银染分型 |
1.2.6 EST-SSR标记多态的测序验证 |
1.2.7 数据统计分析 |
2 结果与分析 |
2.1 羊毛性状分析测定结果 |
2.2 基因组DNA提取 |
2.3 PCR扩增及基因分型结果 |
2.4 多态位点的测序验证 |
2.5 EST-SSR标记的遗传特性 |
2.6 毛性状与标记位点的关联性分析 |
3 讨论 |
3.1 基因型判别 |
3.2 EST-SSR标记的遗传特性 |
3.3 微卫星标记与羊毛性状的关联性研究 |
第四章 绵羊脑、卵巢源EST-SSR标记与繁殖性状的关联性分析 |
1 材料与方法 |
1.1 样本采集及试验材料 |
1.2 绵羊主要繁殖性能指标选择 |
1.3 EST-SSR位点选择及PCR扩增、检测 |
1.4 数据统计分析 |
2 结果与分析 |
2.1 绵羊繁殖性能指标测定结果 |
2.2 PCR扩增及基因分型结果 |
2.3 多态引物遗传参数分析统计 |
2.4 繁殖性状与标记位点的关联性分析 |
3 讨论 |
第五章 绵羊EST-SSR标记功能注释及染色体电子定位研究 |
1 材料与方法 |
1.1 基因标记获得 |
1.2 方法 |
1.2.1 ES-SSR标记的功能注释 |
1.2.2 ES-SSR标记的染色体电子定位 |
1.2.3 染色体同源性分析及标记的转换 |
2 结果与分析 |
2.1 EST-SSR标记的功能注释 |
2.2 EST-SSR标记的染色体电子定位 |
2.3 牛、羊共有染色体分布情况 |
2.4 染色体同源性分析 |
3 讨论 |
第六章 绵羊经济性状多基因聚合的EST-SSR标记分析方法建立 |
1 材料与方法 |
1.1 聚合性状数据 |
1.2 EST-SSR位点选择 |
1.3 统计分析 |
2 结果与分析 |
2.1 EST-SSR标记位点的连锁不平衡分析 |
2.2 经济性状的基因型聚类分析 |
2.2.1 毛性状的基因聚合分析 |
2.2.2 繁殖性状的基因聚合分析 |
2.2.3 毛性状与繁殖性状的基因聚合分析 |
3 讨论 |
第七章 全文结论及创新点 |
1 结论 |
1.1 绵羊EST-SSR标记开发及多态性分析 |
1.2 绵羊EST-SSR标记与性状的关联性分析 |
1.3 绵羊EST-SSR标记的功能注释及染色体定位 |
1.4 基于EST-SSR标记的绵羊经济性状多基因聚合研究 |
2 创新点 |
2.1 标记开发 |
2.2 染色体定位 |
2.3 基因聚合 |
参考文献 |
附录1 合成引物信息 |
附录2 主要试剂配制方法 |
附录3 遗传参数计算公式 |
附录4 大肠杆菌感受态细胞的制备及克隆测序过程 |
附录5 测序结果 |
作者简介 |
致谢 |
石河子大学硕士研究生学位论文导师评阅表 |
(8)新吉细毛羊皮肤组织均一化全长cDNA文库的构建及其ESTs的生物信息学分析(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第1章 绪论 |
1.1 新吉细毛羊的特点和研究现状 |
1.2 绵羊基因组图谱进展 |
1.3 新吉细毛羊皮肤组织均一化全长cDNA 文库的构建及其ESTs 测序分析 |
1.3.1 组织和文库的选择 |
1.3.2 cDNA 文库的构建方法和种类 |
1.3.3 cDNA 文库的均一化策略 |
1.3.4 文库质量鉴定和EST 随机测序 |
1.4 表达序列标签(EST)及其应用概况 |
1.5 与羊毛性状相关基因的研究情况 |
1.5.1 角蛋白基因家族 |
1.5.2 色素沉着基因 |
1.5.3 “HH1”基因 |
1.5.4 有光泽基因和少毛基因 |
1.6 本试验研究目的 |
第2章 试验研究 |
2.1 材料和方法 |
2.1.1 试验材料 |
2.1.2 主要试剂及配制 |
2.1.3 绵羊皮肤均一化全长cDNA 文库的构建方法 |
2.1.4 EST 序列的生物信息学分析 |
2.2 结果 |
2.2.1 新吉细毛羊均一化全长cDNA 文库的构建与质量鉴定 |
2.2.2 文库插入片段的5’端随机测序及生物信息学分析 |
2.3 讨论 |
2.3.1 关于绵羊皮肤组织均一化全长cDNA 文库的构建 |
2.3.2 关于EST 的生物信息学分析 |
第3章 结论 |
参考文献 |
致谢 |
作者简介 |
(9)甘肃高山细毛羊优质毛品系微卫星标记与经济性状相关性研究(论文提纲范文)
摘要 |
Summary |
第一部分 文献综述 |
1.1 国内外细毛羊育种历史、现状及发展趋势 |
1.2 甘肃高山细毛羊优质毛品系培育过程及发展现状 |
1.3 分子遗传标记及其研究进展 |
1.4 微卫星标记 |
1.4.1 微卫星DNA的多态性 |
1.4.2 微卫星DNA在绵羊遗传育种中的应用 |
1.5 绵羊毛用性状的研究进展 |
1.5.1 影响羊毛经济性状的环境因素 |
1.5.2 影响羊毛经济性状的遗传因素 |
1.5.3 羊毛品质和羊毛性状的分子标记和QTL研究 |
1.6 绵羊体重性状的研究进展 |
1.6.1 传统育种方法在绵羊体重中的研究 |
1.6.2 遗传标记在绵羊体重性状中的研究 |
1.7 数量性状与遗传标记之间相关研究的意义和方法 |
1.7.1 数量性状与遗传标记之间相关研究试验设计 |
1.7.2 数量性状与遗传标记相关分析的主要方法 |
1.8 本研究的目的和意义 |
第二部分 材料与方法 |
2.1 试验材料 |
2.1.1 试验个体来源及采样 |
2.1.2 主要实验试剂 |
2.1.3 溶液配制 |
2.1.4 实验主要仪器设备 |
2.2 试验方法 |
2.2.1 样品DNA的提取 |
2.2.2 基因组DNA浓度和纯度的检测 |
2.2.3 微卫星标记的选择与引物合成 |
2.2.4 PCR反应 |
2.2.5 非变性聚丙烯酸胺凝胶电泳(PAGE) |
2.2.6 软件分析 |
2.2.7 统计分析 |
第三部分 结果与分析 |
3.1 基因组DNA检测 |
3.2 扩增产物检测结果 |
3.3 微卫星座位的遗传多样性分析 |
3.3.1 微卫星座位的等位基因频率 |
3.3.2 微卫星座位的有效等位基因数,群体杂合度及多态信息含量 |
3.3.3 Handy-Weiberg平衡的χ2适合性试验 |
3.4 经济性状表型值分析 |
3.4.1 经济性状的描述性统计量 |
3.4.2 表型数据的条形分布情况 |
3.5 微卫星标记与经济性状的相关分析 |
3.5.1 利用一般线性模型(general linear model,GLM)对不均衡数据进行方差分析 |
3.5.2 呈显着相关的标记位点各基因型间分析 |
第四部分 讨论和结论 |
4.1 讨论 |
4.1.1 抽样方法及样本含量 |
4.1.2 DNA的提取 |
4.1.3 PCR影响因素分析 |
4.1.4 微卫星位点的选择及位点数目 |
4.1.5 群体的遗传多样性分析 |
4.1.6 微卫星标记与经济性状的相关分析 |
4.2 结论 |
参考文献 |
致谢 |
作者简介 |
导师简介 |
(10)基于红外光谱和场发射扫描电镜技术的羊绒原料品质分析的研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
插图清单 |
表格清单 |
1 绪论 |
1.1 前言 |
1.2 研究背景 |
1.2.1 世界羊毛业的发展概况 |
1.2.2 世界毛纺工业的发展概况 |
1.2.3 羊毛纤维检测的历史延革与发展趋势 |
1.3 本文的主要研究内容与方法 |
1.3.1 国内外研究状况 |
1.3.2 本文的研究内容 |
1.3.3 羊绒、羊毛原料的检测指标 |
1.3.4 技术路线与研究方案 |
2 实验材料、设备与理论基础 |
2.1 实验材料 |
2.2 实验设备 |
2.2.1 FIELD SPEC HAND HELD近红外光谱仪 |
2.2.2 FT/IR-4100傅立叶红外光谱仪 |
2.2.3 SIRION场发射扫描电镜 |
2.3 理论基础 |
2.3.1 近红外光谱理论基础 |
2.3.2 场发射扫描电镜理论基础 |
2.4 本章小结 |
3 基于可见/近红外光谱的羊绒原料净绒率和含水率的检测 |
3.1 可见/近红外光谱检测 |
3.1.1 可见/近红外光谱的获取 |
3.1.2 可见/近红外光谱预处理 |
3.1.3 建模方法 |
3.2 山羊绒原料净绒率数学模型的建立与精度预测 |
3.2.1 样品净绒率的检测 |
3.2.2 山羊绒原料净绒率的偏最小二乘(PLS)分析 |
3.2.3 逐步回归分析(STEPWISE)和BP神经网络分析 |
3.2.4 模型比较与评价 |
3.3 山羊绒原料含水率数学模型的建立与精度预测 |
3.3.1 样品含水率的测量 |
3.3.2 山羊绒原料样本含水率的近红外漫反射光谱 |
3.3.3 逐步回归分析(STEPWISE)和BP神经网络分析 |
3.3.4 模型比较与评价 |
3.4 本章小结 |
4 基于红外反射光谱的羊绒原料蛋白质、灰分和油脂含量的检测 |
4.1 山羊绒红外反射模式光谱检测 |
4.1.1 红外光谱的获取 |
4.1.2 山羊绒样品的品质参数检测 |
4.2 红外光谱预处理 |
4.2.1 光谱信号的小波降噪 |
4.2.2 光谱信号的其它预处理 |
4.3 建模方法 |
4.4 山羊绒原料净绒率数学模型的建立与精度预测 |
4.4.1 山羊绒原料品质参数的偏最小二乘(PLS)分析 |
4.4.2 羊绒品质参数的非线性数学模型的建立与精度预测 |
4.4.3 山羊绒品质指标线性与非线性数学模型性能比较 |
4.5 本章小结 |
5 基于红外透射光谱的羊绒原料蛋白质、灰分和油脂含量的检测 |
5.1 红外光谱透射分析简介 |
5.2 山羊绒原料蛋白质、灰分、油脂含量红外光谱检测 |
5.2.1 山羊绒样本红外光谱扫描 |
5.2.2 光谱数据的预处理 |
5.2.3 山羊绒原料品质参数的偏最小二乘(PLS)分析 |
5.3 羊绒品质参数的非线性数学模型的建立与精度预测 |
5.3.1 BP神经网络(BPNN)建模与精度预测 |
5.3.2 投影寻踪回归(PPR)建模与精度预测 |
5.3.3 最小二乘支持向量机(LS-SVM)建模与精度预测 |
5.3.4 山羊绒品质指标线性与非线性数学模型性能比较 |
5.4 本章小结 |
6 山羊绒原料产地鉴别分析 |
6.1 材料与方法 |
6.1.1 仪器设备 |
6.1.2 样品来源及光谱的获取 |
6.1.3 光谱数据的预处理 |
6.2 建模方法 |
6.2.1 主成分分析 |
6.2.2 支持向量机分类 |
6.2.3 山羊绒的主成分分析 |
6.3 试验结果与分析 |
6.3.1 主成分分析结果 |
6.3.2 基于支持向量机的山羊绒的鉴别 |
6.4 本章小结 |
7 基于场发射扫描电镜的羊绒与羊毛的识别 |
7.1 羊绒、羊毛纤维扫描图像获取 |
7.2 基于几何尺寸的羊绒、羊毛纤维图像识别 |
7.2.1 纤维形态尺寸的测量 |
7.2.2 鳞片覆盖双边指数的提出 |
7.2.3 羊绒、羊毛纤维参数 |
7.2.4 试验方法 |
7.2.5 结果与讨论 |
7.3 基于纹理分析的羊绒羊毛图像识别 |
7.3.1 纹理分析的理论 |
7.3.2 灰度共生矩阵的理论 |
7.3.3 灰度共生矩阵的纹理参数 |
7.3.4 试验方法 |
7.3.5 结果与讨论 |
7.4 基于特征区域形状分析的羊绒、羊毛图像识别 |
7.4.1 图像预处理 |
7.4.2 图像分割 |
7.4.3 特征区域分析 |
7.4.4 特征区域基本参数 |
7.4.5 基于形态参数的羊绒分类 |
7.4.6 结果与讨论 |
7.5 本章小结 |
8 结论与展望 |
8.1 结论 |
8.2 论文的创新点 |
8.3 展望 |
参考文献 |
致谢 |
博士学习期间主要成果 |
附录一 采用羊绒、羊毛纤维形态参数建模的鉴别预测结果 |
附录二 采用羊绒、羊毛纤维鳞片纹理参数的鉴别预测结果 |
附录三 采用羊绒、羊毛纤维鳞片区域参数的鉴别预测结果 |
四、不同采样方法测试细毛羊净毛率可信度的比较(论文参考文献)
- [1]基于转录组和蛋白组学数据筛选西藏绒山羊绒纤维直径性状相关调控因子[D]. 付雪峰. 甘肃农业大学, 2021
- [2]中国绒毛用羊标准化规模养殖研究 ——以西部地区细毛羊为例[D]. 王晶. 中国农业大学, 2019(02)
- [3]我国细毛羊不同养殖主体质量控制技术采用行为及协作模式研究[D]. 王纪元. 中国农业大学, 2018(12)
- [4]Wnt10b基因在乾华肉用美利奴羊毛囊发育周期中表达规律的研究[D]. 程晓印. 吉林农业大学, 2017(02)
- [5]中国美利奴羊(新疆型)毛品质性状全基因组关联分析[D]. 刘书东. 石河子大学, 2017(12)
- [6]月龄对肉用羔羊生产性能及肌肉H-FABP基因表达量影响研究[D]. 孙军龙. 河北农业大学, 2011(07)
- [7]绵羊部分性状多基因聚合的EST-SSR标记研究[D]. 王遵宝. 石河子大学, 2011(04)
- [8]新吉细毛羊皮肤组织均一化全长cDNA文库的构建及其ESTs的生物信息学分析[D]. 吴茜. 新疆农业大学, 2010(07)
- [9]甘肃高山细毛羊优质毛品系微卫星标记与经济性状相关性研究[D]. 雒林通. 甘肃农业大学, 2009(06)
- [10]基于红外光谱和场发射扫描电镜技术的羊绒原料品质分析的研究[D]. 吴桂芳. 浙江大学, 2009(03)